Föreningen bildades den 25 februari 1930 under namnet Falsterbo Naturskydds- och fornminnesförening. Till ordförande valdes den 22-årige järnvägstjänstemannen Göran von Essen och till sekreterare och museikonservator den 20 år äldre målaren Gustaf Christersson. Redan från starten tog den då 15-årige Erik Hester aktiv del i museiarbetet. År 1968 ändrades föreningens namn till Falsterbonäsets Museiförening.
Den lokala befolkningen i Skanör och Falsterbo lämnade in föremål till föreningen som fick sin första museilokal i Gulegård vid Gamla torg i Falsterbo. Samlingarna växte snabbt och krävde större lokaler. Trots att föreningen ekonomi var svag beslöts att bygga en museibyggnad vid Sjögatan. Skanör och Falsterbo stad skänkte tomten till föreningen. Bygget påbörjades hösten 1939 och ett år senare var byggnaden klar för inflyttning.
Åren fram till 1945 fortsatte insamling av föremål och konservering av dessa. Samtidigt hade föreningen välbesökta föreläsningar och filmförevisningar. År 1945 valdes Claes Hommerberg till kassör i föreningen. Detta uppdrag hade han fram till sin bortgång 1972. Under årens lopp stöttade han föreningen med frikostiga bidrag. Hans intresse för lokalhistorien var genuint och han publicerade ett antal skrifter i detta ämne. På hans initiativ tillkom kioskbyggnaden.
År 1948 byggdes den södra längan för att hysa det medeltida skeppsvrak som år 1932 grävts fram vid stranden nedanför Sjögatan. Sjöfartshallen kallas nu denna länga som också innehåller andra nautiska föremål. Den norra längan uppfördes år 1958 med rivningsmaterial som skänkts till föreningen av professor Sture Berggren med familj. Lars Dufberg ritade längan. I öster samlades äldre brandredskap i ett öppet förråd och en liten brandbod. På detta sätt är nu museibyggnaderna samlade som i en gammal fyrlängad gård.
Då Storgatan i Falsterbo skulle asfalteras 1956 bröt man upp den gamla kullerstensbeläggningen från 1800-talet och början av 1900-talet. Stenarna skänktes till föreningen och museigården stensattes.
Lifbåt 416, den gamla livbåten som i många år tjänstgjort i Skanör och Falsterbo, överlämnades 1946 till föreningen. Under många år stod båten vid muséet, men 1991 beslöts att göra den sjöduglig. Efter renovering flyttades Lifbåt 416 till Skanörs hamn där den underhålles av Skanör-Falsterbo Lifbåts Roddarelag. Läs mer om detta under särskild länk.
Föreningen blev 1976 ägare till Andreas Lundbergagården på Östergatan i Falsterbo. Det var hemsömmerskan Ebba Brandt som testamenterade gården till föreningen. Se vidare under Andreas Lundbergagården i menyn.
Arbetet i föreningen bygger på ideella insatser. Många har gjort stora insatser föreningen under årens lopp. En persons insatser måste dock särskilt lyftas fram. Lars Dufberg var i 30-årsåldern då han 1956 valdes till sekreterare i föreningen. Den posten höll han till 1973 då han blev ordförande i föreningen. Då han avgick 1984 utnämndes han till hedersordförande i föreningen. Därefter fortsatte Lars Dufberg att stötta och ta del i föreningens verksamhet och han fortsatte med sitt forskande i tvillingstädernas historia. Hans arbete med dokumentation och iordningsställande av vårt arkiv underlättar mycket för föreningen att arbeta vidare med muséet. Lars Dufbergs forskande i lokalhistorien resulterade bland annat i boken Skanör och Falsterbo efter Sillatiden och kåserisamlingen Falsterbonäset.
Även om mycket arbete sker ideellt i föreningen så krävs det ekonomiska medel för att skall gå runt. Vellinge kommun stöttar föreningen ekonomiskt. För det är vi tacksamma. I övrigt finansieras verksamheten i huvudsak genom medlemsavgifter, intäkter från uthyrning av lokaler, försäljning av våra skrifter och guidning på muséet och på orten. Alla ekonomiska bidrag är välkomna. De gör det möjligt för oss att sköta byggnaderna och bättre underhålla och utveckla våra samlingar.